明清兩代大運河聯系著王朝的經濟命脈，明代的二十多個染織局中半數以上設立於運河沿線。清代設立的北京、江寧、蘇州、杭州等著名織造局也均在運河沿線。明清運河上的商貿稅收占全國關稅收入的三到五成。由於運河在王朝中的顯要地位，明清兩代對大運河十分重視，進行過不少疏浚工作，保障了大運河的通航。

明代利用南北大運河北運南糧，並設漕運總督主管。運到京城的糧粟。最高年份達到450萬石。明代運河的航道與元代基本相同，大致是:首先利用江南運河;然後由鎮江過長江。經過揚州、高郵、寶應，渡過高寶諸湖，穿過淮河，入黃河;又經元朝所開的濟州河、會通河，出衛河、白河，最後溯通惠河，到達北京。明代運河糧粟的運輸采取軍民分擔轉運的辦法。在運河沿線的重要河港淮安、徐州、臨清、德州四地建造糧倉，政府置備船只，多到三千余艘。宣德四年(1429年)規定江西、湖廣、浙江等地民運糧274萬石，集中於徐州倉、江蘇、安徽等地民運糧220萬石，集中於臨清倉，然後由官軍接民運到北京。開封、彰德、衛輝等地糧粟運集德州倉。當時從事嘈運的軍卒和民夫“駕舟背纖，盤駁過閘，艱辛萬狀，往返兒年”，所受苦難也就可想而知了，並且也易誤農時。

由於每年要由東南各省向京師運送漕糧眾多，因而對南北運河的暢通一直非常注重。明代對大運河的疏浚工作主要有:疏浚江都縣瓜洲壩河道，修築高郵湖堤岸，修理淮安清江浦二閘.引汶水接濟運河，開清江浦河道，建築淮安五壩，疏浚沙河故道，築寶應、汜光、白馬諸湖長堤，開揚州白塔河，築高郵湖堤和淮安運河堤，增設平水閘至23座，等等。
《乾隆南巡圖》記述了乾隆南巡時的的沿途運河景致，是清中期運河的生動寫照。康熙和乾隆兩個皇帝都曾先後六次南巡，也不全是為了游山玩水，視察河工、督修運河也是目的之一。清代運河全線所經地區由地方官分段管理，責任分明。運河管理官員先後置有巡漕御使、河道總督、漕運通判、管河州同、管河千總等，夫役有鋪夫、撈淺夫等。

清代對大運河的治理主要注重了兩點:一是疏浚山東省境內的大運河，而又以從臨清到南旺的一段更為重要;二是注重江蘇省境內大運河的安全通航，特別是保護裡運河的堤防，使它不受洪澤湖及高寶湖下來的洪水威脅。清順治八年(1651年)開始發動民工，大挖山東境內運河;順治十年(1653年)，又規定臨清到南旺間一段運河每年小浚一次。每隔一年大浚一次.以維持通航;後又修駐閘壩，加修堤岸。其中康熙帝對大運河最為重視，多次親身前去實地調查。總結了不少經驗。在江蘇境內，首先繼續培修洪湖大堤。做到“蓄清刷黃”，即在洪澤湖內蓄積起大量清水，用來沖刷黃河河道，使大運河通過淮河部分暢通無阻。另外，為了抗拒高寶湖水，又加高了運河的大堤，使淮河經過彎曲狹窄的水道，南下流人長江。
大運河上航運非常繁忙，容易因為爭先超船而發生爭執。因此朝廷發布诏令規定漕船先行，余船尾隨，不遵約束者治罪。
元代以前，中國王朝的都城大都建在中原和關中地區，居天下之中，靠運河轉輸比較便利。元、明、清三代建都北京，與南方富庶之地相隔遙遠。僅靠大運河轉輸已經不能滿足需要了。因此。從元代開始就已經從沿海進行海路運輸漕糧了，元代的漕運主要靠海運。走運河的大約只占十分之一。
到了清代中葉，太平天國興起，洪秀全在南京建立了政權，占據東南，並且派兵北伐，河南、河北、山東一帶，戰火彌漫，阻斷了江南財富通過運河北運的通道。鹹豐五年(1855年)，黃河改道向北流入渤海，盛極一時的京杭大運河由於黃河改道的影響而淤塞斷航。鹹豐以後，清朝政府轉向依靠海路運送漕糧，才“海運為常”。
津浦鐵路通車以後，所經線路與大運河大體相當，完全取代了大運河的轉輸，京杭大運河逐漸走向衰廢。到了民國時期，除廠江南地區全部及蘇北地區和河北地區的局部河段尚可通航外，通惠河及其余河段全都逐漸埋廢，京杭大運河變得有名無實了。
現在的運河污染嚴重。水道缺水，水運不暢。即將動工的南水北調東線工程將利用運河之床，運長江之水到華北缺水地區，以前運漕糧的運河終於又可以復活。或許有一天人們還可以從北京乘上游船，經通惠河、北運河、南運河、中運河、裡運河、江南運河到平望，然後折向西經過湖州的運河西線，可以直接到達杭州，從而飽覽這沿途的風光民俗。