雲門寺系建於唐代的一處禅門古剎，據《惠安縣志》載，在添奇鋪小溪雲門山東麓，大慧禅師肇基，寺宇由佛殿三重九落、呈梯狀構建，頗具規模。添奇鋪小溪即現在的塗嶺鎮秀溪村，這裡依山傍水，風景秀麗，唐時的驿道即從村中通過，那時的小溪一帶曾是一個繁榮的集鎮，大慧禅師在此擇址建寺，自有他的道理。據說大慧禅師不但在佛學上有高深的造詣，而且精於堪輿和易學，琴棋書畫無所不能，是個世外高人。他與羅隱的一段交往，足見一代高僧身上留存著文人逸士的風懷。

    羅隱，原名橫，浙江余杭人，與羅邺、羅虬並稱“江東三羅”，是一個才華超拔的詩人，閩南俗稱“羅遠仙”。《五代史補》載他“在科場，恃才傲物，尤為公卿所惡……”竟然“十舉不中”。科場失意，志不得伸，給羅橫打擊太沉重了，於是改名“隱”，開始了他南下的流浪生活。他入惠的第一站就來到雲門寺。大慧禅師久聞羅隱之名，兩人談經論道、吟詩作賦，大有相見恨晚之感慨。

    於是，雲門寺成了羅隱遠避塵囂靜心讀書的好所在，寺宇東面的那棵古榕樹下就是羅隱當年的讀書處，可惜遺址無存，而那株千年榕樹依然枝繁葉茂，古老蒼勁。

    在流浪生活中飽嘗人生冷暖的羅隱，對大慧禅師待他如此優禮有加，一直耿耿於懷。某日，大慧禅師終於吐露心曲：“先生可識得這裡的山勢水象否？”羅隱說：“山青水秀，民風純樸，山好水好人更好？”大慧禅師哈哈一笑：“此地背靠象峰山，面對天馬山，兩山之間匯成一條小溪潺潺流淌，屬青龍入海的氣象。貧僧在此擇址建寺，自然頗費苦心。雲門寺現在僧眾百人，香火鼎盛，但凡事興衰皆有因果，惟先生方能使雲門寺流芳於世。”羅隱說：“大師有何指教？”大慧禅師語重心長地說：“貧僧曾推算了先生的生辰八字，實在貴不可言，若生在皇室，自是九五之尊，惜哉時運不濟，也是天數。貧僧已經講過，此地為青龍入海的氣象，只可惜面前的天馬山擋住了青龍入海的去路，只有釣起溪中的蛟龍借助它來移山填海。”羅隱笑道：“學生一介寒儒，如何有此本領，大師見笑了。”大慧禅師拿起一根釣魚桿，說：“先生只須拿著這根釣魚桿在溪中垂釣百日，便有奇跡出現。”羅隱按照大慧禅師所言將信將疑到溪中垂釣，可惜百日未滿，這個計劃卻被寺中的一名和尚無意破壞了，氣得羅隱連連咒罵：“頂倒下倒，中間留一殿供三寶。”雲門寺以後果真逐漸荒廢，只剩下中間的大雄寶殿。這些僅是傳說而已，但畢竟與雲門寺有某些淵源。至宋時，給事中江常又對雲門寺進行了一次較大的修葺。

    延至南宋末年，元兵南侵，南宋遺臣陸秀夫擁幼主趙沿福州南逃，夜宿南埔柳厝村，曾依托雲門寺作為根據地（寺中至今仍保存有當時的石馬槽），拼死抵抗元兵，因寡不敵眾，雲門寺被元兵徹底焚毀。陸秀夫擁趙逃至廣東崖山，又被投降元兵的宋朝奸臣張弘范帶兵追殺，最後，陸秀夫含淚抱著九歲的趙跳海自盡。歷經兵禍戰亂的雲門寺在元、明雖有幾度重建，但規模大不如前。

    清康熙五十五年（公元1716年），雲門寺又進行了一次修建，雖然已沒有了原先的規模，但仍然不失富麗堂皇。乞假榮歸故裡的宰相（文淵閣大學士）李光地特地從安溪湖頭來到雲門寺親書“雲門禅寺”的匾額，給雲門寺增添了幾多光彩，寺宇也再度重興。清嘉慶八年（公元1803年），本鄉進士、奉政大夫、浙江紹興府清軍同知陳煥世為雲門寺撰寫碑記。該碑現存寺中，為後人提供了一個歷史的見證。

    今日雲門寺，由於眾多原因，已今非昔比，但風骨猶存，古人的足跡尚在，目前地下的古磚瓦、古建築基址、柱礎等比比皆是，有關記載雲門寺的文字和種種傳說見之諸多版本，這對研究雲門寺的歷史以及泉港的宗教文化自有一定的借鑒作用。