清龍庵歷史久矣。據《仙谿誌》記載：由五代（唐朝後）陳洪進（南康郡王、岐國公）倡建的陡門全安莊寺宇宏偉，田園廣袤，寺僧眾多，香火興旺。從五代至元朝至正年間，一直是仙游最重要的寺院之一，也是閩東南沿海最著名的大宗林之一。
　　離全安莊寺宇不遠的塔斗山東麓，有塊一裡狹長的谷地，坐北朝南。西面是茂盛的樹林，東面是廣闊的田園。谷地裡有汨汨山泉，淙淙的山澗流水，山清水秀，乃是建庵的理想之地。
　　清龍庵的主持，佛性有靈，竟先在此建庵。隨著香火旺盛，僧尼陸續來這谷地，先後建起十八座宮庵。這些宮庵坐落有序，鱗次栉比。周邊群眾把這地方叫庵裡。千百年來，群眾還流傳著“庵裡十八庵”的傳說。
　　十八庵裡庵相連，晨鐘暮鼓聲悠揚。香霧缭繞神聖境，念經拜佛多清閒。
　　但明朝嘉靖三十年，日本大亂，朝庭欽犯紛紛加入海盜（即倭寇）對中國沿海騷擾，施行殺、搶、燒的行徑。陡門全安莊寺宇，庵裡十八庵也遭到滅頂之災的噩運，部分僧尼被打死，東西被搶光，寺庵被燒毀。
　　然野火燒不盡，春風吹又生。清朝康熙三十年（1692年），國家強盛，佛教重興，清龍庵遷至路亭街西側，坐西朝東，面向浩瀚的湄洲灣。當時有一師姑守寡帶兒修行，因孩子刻苦攻書，品學兼優，得中進士。任職前啟奏皇帝，皇帝賜其母為貞德婦人。不久在清龍庵門兜建起一座花崗巖雕刻的貞德坊。
　　民國十五年，軍閥混戰，引起五十三村與三十六村紛爭、路亭街被燒的悲劇。但清龍庵佛祖有靈，主尼燕輝重建，僧尼繼續行佛事，香火仍然旺盛。
　　1952年，因路亭缺水，主尼明亮把清龍庵遷移至楓亭北門兜。香火興旺不斷。二十世紀八十年代，欣逢改革開放，宗教政策得以落實。北門鄭元珍先生看過《連江誌》，知道庵裡（地名）曾是清龍庵的舊址，出資幫助慧基姑建庵，這真是歷史的巧合。經過二十多年艱辛創業，清龍庵建設日臻完善。
　　2006年，福廈高速鐵路興建，經過庵裡，發現十八庵舊址大量的紅磚瓦片、地基石頭。2013年，經國家交通部批准，仙游火車站在庵裡落地，占地三畝多的清龍庵須全部遷移。功德主鄭元珍父子帶頭捐資近十七萬元，用於繪圖設計、工程建設、重新修膳宮庵。
　　如今清龍庵坐落在巍峨峭拔的塔斗山東北山麓。仿明清朝代寺廟宮庵古建築設計，建築面積達兩千平方米。琉璃黃瓦，飛檐翹角，雕蓮塑花，形態逼真，惟妙惟肖。吊籃橫梁，精雕細刻，繪刻鳥獸花卉，山水對聯。與周圍山上青松翠竹交相掩映，這裡茂林凝重，喬樹灌木峥嵘。縷縷白雲從谷底冉冉升起，如飄似幻。杜鵑花開遍山崖，點綴綠樹叢林。空氣清新，鳥鳴蝶舞，花香沁肺，如臨仙界。汩汩山泉，淙淙山澗流水，在陽光照耀下，清澈透亮，恬靜安詳。白雲、澗水、山風、花香使這裡顯得生機盎然。