昙石山文化距今四五千年，以閩候昙石山遺址為代表，以閩江中下游為中心，連接閩台兩省，是福建古文化的搖籃，先秦閩族的發祥地。它的出現，驚現了不為人知的先秦閩族文化，將福建文明史由原來的3000年向遠古大大推進了一步。昙石山文化作為福建的地域文化，與台灣島的古代文化也有著一定的聯系。經過專家考證，其中中層文化與台灣高雄的鳳鼻頭第三、四期貝丘文化有不少相似之處，通過碳14測定的年代也大致相當，而其中彩陶、有段石锛和拔牙習俗十分接近。這表明當時閩台兩地的居民已經有了密切的往來和聯系。昙石山文化的探索對兩岸古代文化研究有非常重要的意義。昙石山遺址保護和博物館建設工程總投資1億多元,遺址已考古發掘8次，目前仍有三分之二尚未挖掘。博物館主館區展示昙石山文化特色主題的遺址考古實物內容，南側的古民居建築修復後將陳列喜壽婚慶、家庭勞動等清至近代民俗文物，在模擬考古，陶器作坊，復原古屋區觀眾可以參與考古實踐，在館區東北端、南端和昙石山山頂，設置標志性雕塑和藝術群雕，反映昙石山人的生活、勞作等場景。考古現場展示將再現考古發掘現場原貌。