書院繼承了古代私學的傳統和特色，同時也汲取佛教寺廟講經說法和官辦學校的一些長處，因此其建築既具學府之精髓，亦有傳統民居特色。同時，書院作為由儒家士大夫創辦並主持的文化教育機構，成為儒家文化的標志和人文精神的象征。  

    儒家士人把書院看成獨立研究學問的安身立命之所。書院從萌芽之日起，就和士人“獨善其身”的生活道路聯系在一起。創建的目的之一是為了超世脫俗的精神追求，體現了儒家人文精神的超越性。因此，書院創建者總是把書院建在僻靜優美的名勝之地。白鹿洞書院在江西廬山五老峰下，岳麓書院在湖南長沙岳麓山下，嵩陽書院在河南嵩山腳下，石鼓書院在湖南衡陽石鼓山回雁峰下。書院既不同於作為一種統治象征的盤據城中的學宮，也有別於一般民間建築。它映襯自然，構成了一獨立整體，成為地方風景環境的一個重要組成部分。 

    書院建築多為一組較為龐大嚴謹規整的建築群，但由於重視地形的利用，多依山而建，前卑後高，層層疊進，錯落有致；加以庭院綠化，林木遮掩，以及亭閣點綴，山牆起伏，飛檐翹角，構成生動景象，與自然景色取得有機結合，因而收到“骨色相和，神彩互發”之效。書院建築雖較封閉，而環境的開拓則十分開敞，兩者相互映發，構成有機聯系，反映了書院教育的特點，成為溝通天人關系的一種顯現。儒家士大夫們在其中把置身寧靜閒適的大自然、寄情山水作為自己的生活理想，自然恬淡的心境和寧靜幽美的山水悠然合一，也體現了儒家之道的超越性的一面。 

    書院嚴謹的建築群體，是社會群體意識的表現，反映了“禮樂相成”的思想。一般而言，每一所書院都有包括講堂、齋捨、書樓、祠堂在內的建築群。這個建築群從每個殿堂廳房所居的位置、裝飾到總體格局都遵循綱常禮教的嚴謹秩序，使書院師生置身於一種濃厚的政治倫常的觀念和秩序之中。這一切，正是儒家之道的世俗性的一面。 

    書院建築以講堂為中心，中軸對稱，庭院天井組合，布局嚴整。中軸一般三、四進，即由大門、講堂、祭殿和書樓，或兩者結合，依次排列，亦有增設二門、文昌閣等建築，多達五、六進，體現了書院以講學、藏書、供祀的“三大事業”的主體地位。齋捨則對稱分列於中軸兩側，或前或後，各成院落，以滿足居學讀書的需要，少則數間，多則數十、百間。其它廚湢倉廒、亭台樓閣，則因院因地有別，相應配置，不拘一格。 

    書院建築群力求中軸對稱的理想布局，以居中為尊；通過軸線層次序列，以別尊卑、上下、主次、內外，達到由序達敬的目的；又通過不同特點的庭院天井的空間組合，達到以和至親的目的；以此形成一個序中有和，和中有序，和序統一的整體。 

    然而，書院建築的樸實造型又在很大程度上反映著古代中國知識分子的清高風骨和實際社會地位的低下。 

    古代文人都有反對土木之奢，提倡儉樸之風，強調社會實用功能的美學思想。因而，書院不同於官學建築強調表現那種所謂“賢關”、“聖域”、“官員下馬”的神聖氣氛，而更多吸取了民間地方建築特點，更為樸實莊重，典雅大方。一般以磚木結構為主，構架以穿斗與抬梁結合，硬山擱檩，砌上明造，簡潔清新，突出封火山牆，起伏連續，形成具有節秦變化的輪廓線；一般單層為主，晚期亦多兩層，密集組合，突出個別歇山樓閣，形成緊湊的整體造型；裝修裝飾較少雕飾彩繪，點綴素雅，比較講求表現材質、色調和體量、虛實的對比效果，顯示其樸實自然之美，突出反映了文人的建築觀點。 

    書院建築的樸實美，還反映在忠實於材料結構的表現，而不追求雕飾之華。書院外部顯露其清水山牆，灰白相間，虛實對比，格外清新明快；內部顯露其清水構架，裝修簡潔，更顯素雅大方。遠觀其勢，近取其質。既無官式畫棟雕梁之華，也少民間堆塑造作之俗，給人自然淡雅的感受。 

    如今，最為完整保存著書院建築格局的是位於湖南省長沙市岳麓山下的岳麓書院。岳麓書院以講堂為中心，中軸對稱，教學齋、半學齋分列兩側，前後四進，每進建築均有數級台階緩緩升高，層層疊進，給人一種深邃、幽遠、威嚴、莊重的感覺，體現了儒家文化尊卑有序、等級有別的社會倫理關系。御書樓位於中軸末端，是書院惟一的三層樓閣建築，顯示書樓在書院的重要地位。北側有專祠五處，供祀名儒先賢，反映它在學術上的師承關系和道統源流。院側有文廟與書院平行，自成院落，既保持了書院中軸的突出群體，不致使文廟喧賓奪主，又表現出文廟“聖域”的獨立特殊地位。各部分建築互相連接，互為整體，完整體現了我國古代書院講學、藏書、供祀三大功能的格局。