孔廟的最後一座殿是聖跡殿。琉璃瓦聖跡殿造型古雅，建於明代萬歷二十年（公元1592年），由巡按御史何光主持建造的。他搜集了有關孔子的畫像和文獻資料，交由吳郡畫工章草補充繪畫並刻成石刻，這就是我國最早的完整石刻連環畫——“聖跡之圖”。聖跡殿是專門為存放《聖跡圖》而建造的。殿高12.55米，長30.69米，寬10.12米，單檐綠瓦歇山頂，彩畫為大點金，木架為七檩四柱前後廊式，檐下用五踩單翹單昂斗拱。現彩畫為1959年所繪。

《聖跡圖》每幅高38厘米，寬60厘米，文圖並茂，共120幅，描繪了孔子一生的主要活動。聖跡殿內除聖跡圖外，還有幾幅孔子畫像，正中一幅是唐代大畫家吳道子畫的《孔子為魯司寇像》，左邊是吳道子畫的《孔子憑幾像》，習稱“小影”，孔子按幾而坐，從以十弟子。宋紹聖二年（公元1095年）由孔子四十六代孫孔宗壽翻刻上石。關於這幅圖有人提出疑問，認為非吳道子真跡。右為晉代著名畫家顧恺之畫的《孔、顏二聖像》，宋紹聖二年（公元1095年）由孔子第四十八代孫、衍聖公孔端友摹勒上石（有介紹書誤將此畫稱之為“小影”）。《孔子憑幾像》和《孔、顏二聖像》有宋真宗、宋太祖的御贊詞和宋代紹聖、政和的年號及題跋。殿內西面最北為吳道子畫的《孔子行教像》，這種畫像早已成為孔子像的原始標准。在吳道子以前，孔子畫像沒有標准，吳道子是根據記載中的孔子像創作的《孔子行教像》，據傳說（正史有載），孔子生而首上圩頂，似尼丘山之形，即頭頂中間低，周圍高，生有七露（耳、鼻、眼、口皆露），在吳道子創作《孔子行教像》以後，所有畫孔子像便以此為相貌之標准。《孔子行教像》南是宋代著名書畫家米芾的孔子贊祀，上刻《米芾孔子贊祀》，“孔子孔子，大哉孔子；孔子以前，既無孔子；孔子以後，更無孔子；孔子孔子、大哉孔子”。再南為明清翻刻的孔子畫像。

琉璃瓦殿內東面是康熙的乾隆的御碑，南一塊是乾隆的，其它四塊是康熙的，其中兩塊是康熙的手書。最北一塊是康熙二十三年（公元1684年）來曲阜時寫的留言詩，“銮辂來東魯，先登夫子堂，兩楹陳俎豆，數仞見宮牆，道統唐虞接，儒宗洙泗長，入門扶松柏，瞻拜肅冠裳”。（注：銮，銮架。辂，帶輪的轎。楹，門楹，原意為門兩側的框柱，這裡指門內兩側。俎，案子。豆，祭器。數仞見宮牆，見萬仞宮牆。唐，唐堯。虞，虞舜。洙泗，洙水和泗水。肅，嚴肅，作動詞用。冠裳，帽子和衣裳）。殿中上方是康熙皇帝的“萬世師表”四個大字，贊頌孔子是“千秋帝王之師，萬世人倫之表”，就是說孔子永遠是人們效法的表率。