始建於西晉鹹寧二年（276），初名真慶道院，迄今已有1700余年歷史。東晉太寧二年（324），明帝敕旨重修道院，更名為“真慶道院”。唐開元二年（714），玄宗賜內帑重修，並改名為“開元宮”。唐著名畫家吳道子畫“太上混元皇帝像”，顏真卿為其書，玄宗御贊，唐僖宗乾符元年（874），又在開元宮內增設“文昌”、“張仙”二殿。唐末，大成元年淮南節度使孫儒攻陷蘇州，開元宮皆毀於戰火，惟山門、正殿巍然獨存。宋太平興國年間（976—983），開元宮擴建為“太乙宮”。宋大中祥符五年（1012），真宗趙恆敕改“開元宮”為“天慶觀”，封該觀道士李志升為“左階道錄司”，賜內帑大修，殿堂煥然一新，在新建的東西南北四庑中繪制了“三天天宮勝景”巨幅壁畫，並敕賜“金寶牌”永鎮觀內。皇祜年間（1049---1053），又改建山門，使其更加雄偉壯嚴。宣和七年（1125），宋宗敕賜昆山縣田五十頃為“天慶觀”香火田，使玄妙觀冠於江南道觀之首，致於歷史鼎盛時期。

    南宋建炎四年（1130），金兵焚掠平江（蘇州），天慶觀和城內大多數建築一樣毀於兵火。自紹興十六年（1146）至淳熙元年（1179），經王、陳岘、趙伯等相繼重修，“雄傑於浙右”。寶祜雨過天青年（1254）、景定二年（1261）重修。元貞元年（1295），改天慶觀為玄妙觀。時道士嚴煥文、張淵等又募捐重修，規模十分宏大。至正二十六年（1366）十二月至次年九月，朱元璋命徐達、常遇春率二十萬大軍圍攻平江城，玄妙觀又遭炮火，幸未全毀。

    明洪武四年（1371），整頓道教，玄妙觀更名為“正一叢林”，並設專管道教的官吏“道紀司”於此。明清兩代歷經宣德、正統、嘉靖、康熙、乾隆、嘉慶、同治年間多次重修。在清康熙初年的那次大修中，耗白金四萬兩，歷時3年完成。清代為避康熙帝玄烨之諱，改“玄”為“圓”，稱圓妙觀，又名元妙觀。直至民國元年恢復玄妙觀舊義稱。

    玄妙觀是這座道觀的總稱，雖歷經各朝的重修增建，然其基本結構和營造法式仍保留著宋代以來的建築群體風。據道光《元妙觀志》圖載，清代玄妙觀全盛時占地約5。5萬平方米，共有30多座殿閣。中軸線上自南而北依次為正山門、三清殿、彌羅寶閣，山門外原先還有觀橋和照牆。其他殿閣分布在20多處自成院落的“子院落”內，如眾星拱月般從東、西、北三面圍繞著中軸線上的重要殿閣，形成一片巍峨的建築群，成為蘇城道觀之首和城中游覽勝地。但鹹豐、同治之際遭受戰禍波及後，即漸趨落，未能恢復舊觀，宏偉的彌羅寶閣也於1912年8月失火焚毀。解放後，蘇州市政府對玄妙觀的古建築進行了保護，並於1956年7月至次年2月整修了三清殿、正山門及東、西諸殿門牆。1966年後，受文革沖擊遭到破壞。1981年，宗教政策得到貫徹落實，蘇州玄妙觀作為宗教活動場所對外開放。

    蘇州玄妙觀不但是中國著名道觀之一，也是吳中傳統文化的體現，同時亦是姑蘇人民的象征。為了充分發揮玄妙觀的優勢，被列為蘇州市政府1999年實事工程之一的玄妙觀整治更新工程，歷時半年於當年9月20日竣工。各殿堂的神像開光儀式於1999年9月24日在玄妙觀隆重舉行。三清殿屹立中央，氣勢雄偉；東有斗姥閣、文昌殿、火神殿、機房殿、三茅殿；西有雷尊殿、三官殿、財神殿；正山門居前，彌羅寶閣座後，正是前後呼應，布局整齊，雄偉壯觀。

    三清殿是玄妙觀整體建築群中的主要殿堂，整座建築結構完整，莊嚴雄偉，體現了以其為核心的建築群體風格。

    據載三清殿與玄妙觀創立相始末。現存的三清殿主體建築重建於南宋淳熙六年（1197），為當時提刑趙伯重新設計，進呈孝宗，並御書賜額“金阙寥陽寶殿”。元至元十八年（1281），诏改“三清殿”。該殿歷經宋、元、明、清各朝屢次重修，其結構仍保留著南宋時代的建築風格。

    三清殿座北朝南，面闊九間43米，進深六間25米，高約27米，面積達1382平方米。殿宇為重檐山頂，角瓴，屋正中飾鐵鑄的“平升三戟”，兩端有一對磚刻大龍頭，是江南龍吻之最。殿柱作“滿堂柱‘排列，縱橫成行，內外一致，共七列，每列10柱。四周檐柱為八角形石柱，東、南兩邊多為青石醉，刻有宋人所書天尊名號及施捨題記；西、北面則大部已經後代重修時更換。殿內諸柱除內中三間四根後金柱為抹角石柱外，均為圓木柱。殿內木柱則於礎上加石鼓，柱粗須三人合抱。殿的下檐斗拱為四輔作單昂，昂的下緣向上微微反曲，較為罕見。上檐內中四縫所用’六輔作重抄上昂斗拱‘糸宋代《營造法式》，為國內噍一可珍貴之例。內內轉角鋪作在後金柱上者遠離用插拱，即以丁頭拱插於柱內，不用栌斗，亦以殿斗拱重要特征，為國內現存最古實例。整座三清殿石柱環列，斗拱雄健，月梁壯碩，合乎宋代營造法式。

    三清殿巍峨壯麗，是玄妙觀的核心，也是中國古建築的瑰寶。1936著名古建築專家劉敦桢先生通過勘測，結合文獻資料考訂，科學地論定了三清殿確屬南宋所構，揭示了它在建築史上的重要價值，引起了人們的高度重視和關注。1982年，三清殿這座閱世千祀，歷盡滄桑的藝術結構被國務院列為全國重點文物保護單位，1983蘇州市人民政府立碑公布。1988年版《中國大百科全書》稱三清殿是“中國長江以南最大的木構古建築。它既是宋代官式建築的代表，也表現出地方性建築的特點，是研究宋代南、北建築的重要例證。“著名文物古建築專家羅哲文先生也說過三清殿”是我國現存最大的宋代建築。”

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