靈谷寺在鐘山東南麓，中山陵以東，相距約1.5公裡。其前身名開善寺，建於獨龍阜上，是南朝梁武帝蕭衍為安葬名僧寶志的遺骨所建，寺內不有寶公塔。至明代洪武十四年（公元1381年），朱元璋為在獨龍阜上建造明孝陵，遂將寺和塔遷移至此，並改名靈谷禅寺。

    靈谷寺原有規模很大，殿宇眾多，至清鹹豐年間一場大火，只剩一座無梁殿，該殿因全用磚砌，不用木料而幸免於難。至同治年間重修，規模大為縮小，現僅有大雄寶殿、觀音殿、無梁殿、玄奘紀念堂及藏經樓、法堂、祖堂等建築，紀念堂內供玄奘像，像前有玄奘頂骨紀念塔，兩側陳列玄奘譯撰的佛經317冊。後院為花園，名“深松覺苑”，建有松風閣，景色幽麗。

    1928年國民黨政府曾將該寺改為“國民革命軍陣亡將士公墓”，建有正門、牌坊、公墓、紀念塔，並將無梁殿改為祭堂，松風閣改為紀念館。

    無梁殿在靈谷寺內，原名無量殿，供無量壽佛，因整個殿堂全用磚砌，不用寸木一釘，故人稱無梁殿，高22米，寬53.8米，深37.8米，前後各有三拱門，四面開窗，結構堅固，風格獨特，氣勢雄偉，是我國最大的無梁殿。1928年起，改為國民革命軍陣亡將士紀念堂（祭堂），中供烈士靈位，四壁鑲嵌110塊石碑，碑上镌刻北伐陣亡姓名計三萬三千多人。建國後，在殿內建造了“辛刻革命名人蠟像館”，以“中華之光”為主題，塑了十組辛亥革命中影響最大的革命事件，分別為建革命黨、宣傳革命、華僑支援、武裝斗爭、武昌起義、建立民國、捍衛共和、國共合作、黃埔建校、揮師北伐。共塑名人蠟像38尊，大小與真人一樣，再現了孫中山、黃興、蔡锷、廖仲恺、周恩來等一代歷史風雲人物的英姿風采。

    無梁殿後是松風閣，重檐九楹，雙層建築，鋼筋水泥結構，為後代所建。登閣靜坐，看松冠如海，聽松濤聲聲，別有情趣。“靈谷楓風”為鐘山勝景之一。現閣內設有茶室、餐廳、小賣部，供游人休息、賞景。閣西有寶公塔，為名僧寶志的墓塔，由獨龍阜遷來，塔南有三絕碑，碑上刻有唐名畫家吳道子畫的寶志像，大詩人李白民作的贊詩，以及書法家顏真卿的題字，三大名家傑作集於一碑，為世所罕見，故稱“三絕”。

    松風閣後有靈谷塔，又名國革命軍陣亡將士紀念塔，落成於1933年，九層八面，高60.5米，內有螺旋形扶梯252級，底層前門刻有“靈谷塔”三字，後門刻“有志竟成”四字。塔內2至4層壁上刻有孫中山先生1924年11月北上時向黃埔軍校師生作的告別辭，5至8層壁上刻有他於1924年6月在黃埔軍校作的開學詞。登上塔頂，看松濤林海，眺名勝古跡，歷歷在目，一覽無遺。現靈谷寺景區已辟為靈谷寺公園，成為南京市民的郊游勝地。

    靈谷寺以東有鄧演達墓和譚延墓。鄧演達原系國民黨奧軍團長，早年參加同盟會，堅決擁護孫中山先生的三大政策，反對蔣介石軍事獨裁，1931年在上海被蔣秘密逮捕，並殺害於南京。建國後追認為烈士，建墓於靈谷寺以東的山崗上，由何香凝題寫“鄧演達烈士之墓”，背面刻有烈士生平事跡。譚延系國民黨中央委員，曾任國府主席、行政院長等職，1930年患腦溢血去世，由國民黨政府舉行國葬，墓在靈谷寺東北山坡上，比較華麗，附近風景優美。其西有“萬株桂園”，園內廣植金桂、銀桂、丹桂等桂樹，亭台散布，環境幽靜怡人，也是一處休閒、賞景的好地方。

    靈谷寺以東近年來新建“紫金山游樂園”，國內有我國最大的森林滑道，長450米，上下高度相差28米，周圍林壑優美，山青水秀，風景如畫。