馬橋遺址在上海市區西南的闵行區（包括原上海縣，撤縣後與原闵行區合並）馬橋鎮以東2公裡，北緯31度2分、東經121度23分12。遺址發現於1959年，20世紀60年代進行過兩次發掘。
　　           
　　 對馬橋遺址分布范圍的認識，有一個不斷深化的過程。20世紀60年代的兩次發掘認為，遺址的分布面積大約5000平方米，主要分布在北松路南的俞塘河南北兩側。通過近年來的進一步研究，對馬橋遺址的分布范圍和規律有了全新的理解和認識。
　　
    目前所知，馬橋遺址的文化遺存分為三個大的階段。第一階段主要是良渚文化（個別遺存可以早到崧澤——良渚過度階段）。根據歷次發掘結果，良渚文化遺存在遺址中部（I區和20世紀60年代發掘區域）比較豐富，主要分布於砂堤之上和砂堤西側，地層堆積比較厚，既有居住遺存，也有墓葬。在遺址北部（II區）、良渚文化遺存比較貧乏，以墓葬為主，也分布在砂堤之上和砂堤西側，砂堤東側只有小范圍的零星分布。第二階段是馬橋文化，這是該遺址最重要，也是分布面積最大的文化遺存，它們在遺址中部和北部、砂堤之上和東西兩側都有分布，而且相當豐富，是這個時期環太湖地區極為罕見的一處大型村落遺址。第三階段是春秋戰國至宋元時期，發現了不同時期的文化層堆積、戰國時期和宋代墓葬、唐代水井等遺存。馬橋古文化遺址的第四層被考古界視為太湖地區（包括杭州灣地區）的一個典型遺存，1982年定名為馬橋文化。

    公元前2000年前後，正當江南出現文明曙光的時候，一場特大洪災襲擊了大江南北。這場災難使大片農田淹沒，大江南北成一片汪洋，原本發達的良渚文化突然消失。直到夏禹領導治水，經太湖地區，“三江既入，震澤底定”，將長江下游諸江水通流入海，等洪水逐漸退去後，先民們又在太湖流域重建家園。分布在太湖地區的馬橋文化就是夏商時期的文化遺存，無錫以江陰花山遺址最具代表性。