本善寺是善行寺的別院。民國五十年頃，善行寺塬有的納骨室不敷使用。當時地方賢達人士建議，恭請佛菩薩慈悲，南鲲?三王爺協助指點吉祥福地，於佳裡鎮北郊區飛沙?，南邊建大雄寶殿及淨房大寮等。東邊建蓮光寶塔於民國五十三年鸠工興建至民國五十八年落成使用。大雄寶殿及淨房大寮等初期工程於民國八十一年告一段落，並申請加入中國佛教會暨中國佛教傳?協會，是年取得建築執照及使用執照，開始宏揚佛教心理哲學，引導信眾為正知、正見、正行的佛教實踐者，為本寺的宗旨。

    本善寺西鄰平埔西拉雅族「阿立祖」祠堂。西北角有荷蘭人?據台灣時所鑿的古井一口，至今井水清涼可口，日據時代取井水做豆腐細坷爽口。東鄰佳裡糖廠，今開發為蕭壟文化園區。東南邊為佳裡鎮市區有百年?史建築物-善行寺大士殿和三級古?金唐殿，是嘉南平塬最殊勝的名勝古?之ㄧ。

    位於佳裡市區的善行寺和位於北頭洋山麓的本善寺本來就是一體，兩寺皆是佛教莊嚴道場，供奉本師釋迦牟尼文佛和阿彌陀佛聖像，每年農歷四月八日兩寺同時舉行浴佛法會九月二十九日兩寺同時舉行藥師法會，蓮光寶塔於農歷三月一日舉行春季祭祖，農歷十一月一日舉行秋季祭祖法會，法務日益增長，將來必有可觀的成就。