大殿是大報恩寺內除琉璃塔之外體量最大的一座古建築，面寬七間、四進深的規制等級，僅比故宮的太和殿小一點，史料上關於大報恩寺“准宮阙規制”的記載也由此得以印證。

    在考古人員對大殿北半部分的發掘中，所發現的大殿柱礎邊長達到2米，高度也在2米左右，這是目前南京考古界發現的最大柱礎之一。史料還有記載說，大報恩寺的大殿又名“碽妃殿”，是朱棣為供奉生母碽妃建造的主殿。不管此處供奉的是誰，僅從柱礎的體量便可看出大殿在大報恩寺建築中的等級之高，可謂是與琉璃塔同等重要的核心建築。