三清殿位於莆田市區觀橋附近，為道教建築物。古時佛教的教堂叫“寺”，道教的教堂稱“觀”。三清殿是建於唐貞觀二年（公元628年）的元妙觀建築群遺存下來的一個殿。元妙觀至宋時改名天慶觀，元代時又改名玄妙觀，清時因避康熙皇帝玄烨之諱，改稱元妙觀。三清殿是這座道觀的主殿，內奉“太清元始天尊、上清通天教主、玉清太上君”、故名“三清殿”。

    該殿歷經宋、元、明、清各代，先後三次整修。民國年間遭破壞。現僅存第三進殿。與福州華林寺、寧波保國寺同被譽為江南古建築之花，被古建築專家視為古建築傑作。

    三清殿為重檐歇山頂結構，面闊五間，進深四間，當心間4金柱，8架椽，翼似乳狀，仍保存宋代建築手法。全部結構嚴謹，柱頭微具卷殺，柱礎作蓮花覆盆形，柱間只施闌額，不用普柏枋；斗拱雄大，斗底作皿板形，拱偷心造；補間鋪作前後檐各一朵，斗拱和椽檩之間，彩繪有關道教的圖案。

    殿內有現存有石刻十塊，有宋徽宗趙佶手書瘦金體《神霄玉清萬壽宮碑》，是研究我國書法藝術和道教歷史的珍貴文物。此碑當時是頒布給全國、州道觀立石的全國現存的三碑之一，還有宋孝宗《賜少傅陳俊卿札碑》和陳俊卿謝恩表文碑、宋王禹撰《陳仁璧墓碑》、方昭書撰《祥應廟記碑》以及蘇東坡、文天祥、文征明等歷代名人題刻荟集篆、隸、真、草各體書法，古雅別致，彌足珍貴。

    該殿1996年11月公布為全國重點文物保護單位。