祗園寺是九華山“四大叢林”之一，位於九華街入口處。初建於16世紀中期、明代嘉靖年間，清代多次重修和增建。民國八年，重新翻修，後來一再擴建，現在規模是九華山全山寺院之冠。

    祗園寺是九華山寺廟中唯一的宮殿式建築，雕梁畫棟，金碧輝煌，包括山門、天王殿、大雄寶殿、三進殿和上百間堂屋。山門的前牆安有三重琉璃飛檐，蔚為壯觀，門裡有哼哈二將和紅臉三目、手執鋼鞭的王靈官。大雄寶殿內端坐有三尊噴金大佛，高6米余，是九華山所有寺廟中最大的佛像，兩旁列著十八羅漢，氣氛莊嚴肅穆。此外尚有方丈寮、退居寮、掛褡寮、衣缽寮和撥火寮等許多房捨，回旋曲折，宛如迷宮。 

    祗園寺東側是藏經樓、上客堂。藏經樓內珍藏稀珍經書。其中《龍藏》，又名《清藏》，全稱《乾隆版大藏經》，完成於乾隆三年（公元1738年），是清代唯一的官刻漢文大藏經，全藏共收經1669部，7168卷。