噶丹寺是在明永樂七年（1409年）時，由西藏喇嘛教格魯派（黃教）的創始人宗喀巴興建的，是西藏喇嘛教格魯派的祖庭，清世宗雍正皇帝曾給寺院賜名為“永泰寺”。寺院的法台甘丹墀巴就是宗喀巴法座的繼承人，他的地位僅次於達賴喇嘛和班禅，平時常住甘丹寺內。

    寺院開始時規模不大，後來經過多次增建、擴建，寺院的建築遍布於汪古爾山上。寺院原來分為夏孜、绛孜兩個扎倉（僧學院）、23個“康村”，每個“康村”管轄若干“米村”，“康村”、“米村”都是“扎倉”下面的地域性組織，也是僧人食宿的地方；有3300多個僧人在寺內供養，規模十分巨大，與哲蚌寺、色拉寺合稱為三大寺院。

    寺院在鼎盛時曾是樓閣重疊、殿堂林立，十分的興盛，其中尤以教派的創始人宗喀巴的肉身靈塔最為著名，其它的還有宗喀巴寢殿、大經堂、僧捨等，今天所見寺院的建築多已毀棄不存。