閩南佛學院分設男眾部和女眾部。男眾部設在南普陀寺內，女眾部設在景色秀麗的金榜山紫竹林寺。

    紫竹林寺位於福建省廈門市吳倉社董村，金榜公園左側。舊為「寶山巖」，俗稱「董內巖」，始建於明朝萬歷年間。相傳有當地吳姓村民在此掘地得寶，即營建巖寺，是為「寶山巖」和「董內巖」名稱之由來。巖側原有泉水清冽，據傳宋幼主從此經過，曾掬泉止渴，乃稱為「聖泉」，為禾山四大名泉之一。

    巖泉於清初兵燹。康熙二十五年（一六八六年），有同安寺光隱和尚居此重興寺巖，並就地購置寺田，與門徒耕耘自食，笃修聖道，並於巖側勒石告誡諸徒：「嚴守田產，持行農禅，躬耕力食，不與世人爭利。」清末民初，殿堂因蟻蟲蛀蝕傾危，蔣以德居士及地方董事集資於高昂地帶重建大殿及僧捨寮房。

    一九四九年後，寺院一度駐扎軍隊，上世紀八十年代末部隊撤離，由廈門市佛教協會接管，並由南普陀寺及閩南佛學院募建，作為閩南佛學院女眾分院學捨。

    一九九一年動工興建，一九九七年年落成。學院女眾入遷，並改稱紫竹林寺。一九九八年八月舉行落成開光典禮。