拙政園的不同歷史階段，園林布局有著一定區別，特別是早期拙政園與今日現狀並不完全一樣。正是這種差異，逐步形成了拙政園獨具個性的特點，主要有：  

（1）因地制宜，以水見長。  

　　據《王氏拙政園記》和《歸園田居記》記載，園地“居多隙地，有積水亘其中，稍加浚治，環以林木”，“地可池則池之，取土於池，積而成高，可山則山之。池之上，山之間可屋則屋之。”充分反映出拙政園利用園地多積水的優勢，疏浚為池；望若湖泊，形成晃漾渺彌的個性和特色。拙政園中部現有水面近六畝，約占園林面積的三分之一，“凡諸亭檻台榭，皆因水為面勢”，用大面積水面造成園林空間的開朗氣氛，基本上保持了明代“池廣林茂”的特點。  

（2）疏朗典雅，天然野趣。  

　　早期拙政園，林木蔥郁，水色迷茫，景色自然。園林中的建築十分稀疏，僅“堂一、樓一、為亭六”而已，建築數量很少，大大低於今日園林中的建築密度。竹籬、茅亭、草堂與自然山水溶為一體，簡樸素雅，一派自然風光。拙政園中部現有山水景觀部分，約占據園林面積的五分之三。池中有兩座島嶼，山頂池畔僅點綴幾座亭榭小築，景區顯得疏朗、雅致、天然。這種布局雖然在明代尚未形成，但它具有明代拙政園的風范。  

（3）庭院錯落，曲折變化。  

　　拙政園的園林建築。早期多為單體，到晚清時期發生了很大變化。首先表現在廳堂亭榭、游廊畫舫等園林建築明顯地增加。中部的建築密度達到了16.3％。其次是建築趨向群體組合，庭院空間變幻曲折。如小滄浪，從文征明拙政園圖中可以看出，僅為水邊小亭一座。而八旗奉直會館時期，這裡已是一組水院。由小飛虹、得真亭、志清意遠、小滄浪、聽松風處等軒亭廊橋依水圍合而成，獨具特色。水庭之東還有一組庭園，即枇杷園，由海棠春塢、聽雨軒、嘉實亭三組院落組合而成，主要建築為玲珑館。在園林山水和住宅之間，穿插了這兩組庭院，較好地解決了住宅與園林之間的過渡。同時，對山水景觀而言，由於這些大小不等的院落空間的對比襯托，主體空間顯得更加疏朗、開闊。  

這種園中園式的庭院空間的出現和變化，究其原因除了使用方面的理由外，恐怕與園林面積縮小有關。光緒年間的拙政園，僅剩下了1.2公頃園地。與蘇州其他園林一樣，占地較小，因而造園活動首要解決的課題是在不大的空間范圍內，能夠營造出自然山水的無限風光。這種園中園、多空間的庭院組合以及空間的分割滲透”、對比襯托；空間的隱顯結合、虛實相間空間的婉蜒曲折、藏露掩映；空間的欲放先收、欲揚先抑等等手法，其目的是要突破空間的局限，收到小中見大的效果，從而取得豐富的園林景觀。這種處理手法，在蘇州園林中帶有普遍意義，也是蘇州園林共同的特征。  

（4）園林景觀，花木為勝。  

　　拙政園向以“林木絕勝”著稱。數百年來一脈相承，沿襲不衰。早期王氏拙政園三十一景中，三分之二景觀取自植物題材，如桃花片，“夾岸植桃，花時望若紅霞”；竹澗，“夾澗美竹千挺”，“境特幽回”；瑤圃百本，花時燦若瑤華。”歸田園居也是叢桂參差，垂柳拂地，“林木茂密，石藓然”。每至春日，山茶如火，玉蘭如雪。杏花盛開，“遮映落霞迷澗壑”。夏日之荷。秋日之木芙蓉，如錦帳重疊。冬日老梅偃仰屈曲，獨傲冰霜。有泛紅軒、至梅亭、竹香廊、竹郵、紫籐塢、奪花漳澗等景觀。至今，拙政園仍然保持了以植物景觀取勝的傳統，荷花、山茶、杜鵑為著名的三大特色花卉。僅中部二十三處景觀，百分之八十是以植物為主景的景觀。如遠香堂、荷風四面亭的荷（“香遠益清”，“荷風來四面”）；倚玉軒、玲珑館的竹（“倚楹碧玉萬竿長”，“月光穿竹翠玲珑”）；待霜亭的桔（“洞庭須待滿林霜”）；聽雨軒的竹、荷、芭蕉（“聽雨入秋竹”，“蕉葉半黃荷葉碧，兩家秋雨一家聲”）；玉蘭堂的玉蘭（“此生當如玉蘭潔”）；雪香雲蔚亭的梅（“遙知不是雪，為有暗香來”）；聽松風處的松（“風入寒松聲自古”），以及海棠春塢的海棠，柳蔭路曲的柳，枇杷園、嘉實亭的枇杷，得真亭的松、竹、柏等等。