李純祠堂大部分建築構件是原位於北京西四北太平倉的莊親王府的。莊親王府是清初承澤郡王碩塞長子莊親王博果铎的府邸（據傳此處也曾是明朝宦官劉瑾的宅第）。在庚子年（1900年）時，末代莊親王載勳還此處設拳壇，支持義和團運動。八國聯軍攻占北京，其府被焚，但沒有被完全破壞。直到1920年代，因北洋軍閥李純及其弟李馨買下莊親王府，拆除王府建築，在此建房租賃，後稱此地為平安裡。

    關於李純兄弟購買此宅說法不一。第一種說法因為莊親王載勳參與拳亂，死後家屬的生活艱難，經濟拮據。時值李純兄弟要在北京購置地產，以20萬元購買這個王府。第二種說法1916年，李純兄弟聽說美國洛克菲勒基金會購買豫親王府，在修建協和醫學院時，從地下挖出了大批的銀兩，兄弟二人於是出價20萬元現大洋買下了這座破敗的莊親王府。後將莊親王府原址拆除，把建築構件運回天津，選在南開窪地重建。據說李純原本想建成私家庭園，後袁世凱派人調查，索性就改成了李氏祠堂。國民政府時期，此地變成了天津棉紡六廠的職工宿捨。