故宮博物院在基礎設施改造過程中，經國家文物局批准，對故宮內南三所、南大庫、慈寧花園等3處發現古代遺跡的施工區域，進行搶救性考古發掘，並取得四項重要收獲和對明清紫禁城的新認識：首次認清了明清故宮城牆、牆基、牆體、牆內散水及排水系統的完整結構。

    確認了明清北京故宮（紫禁城）的原始地面水平高程，城牆基礎的原始高程與城牆高度，據此可以解釋現存欽安殿建築在地基高程上與前三殿、後三宮建築基礎水平高度均不協調的原因。

    發現了明代地基的建築方法與工藝程序、明代晚期以來在紫禁城內進行建設時對早期基礎最大可能的利用方式，以及紫禁城建築的連續性與變異。

    首次在故宮發現年代明確的明代早期的宮殿建築遺址；首次在故宮發現御窯瓷器埋藏坑和廢舊物料埋藏堆積，使考古學開啟了探索、認識明清紫禁城手工業生產制度、御用瓷器管理制度以及宮廷宗教制度的研究過程。

    專家們認為，故宮明清建築基址考古項目體現出故宮考古理念與方法的新嘗試，發現的新資料填補了元明宮殿建築考古的一些空白，印證並補充了一些文獻的記載。首次實現了故宮建設工程與文物保護的良性結合、故宮地下建築基址與地上建築群為一體的保護理念。