綽墩遺址位於江蘇省昆山市巴城鎮正儀綽墩村，遺址東西長500米，南北寬800米，總面積約40萬平方米，中心區面積29萬平方米，考古證明，距今已有6000余年。文化內涵從下至上依次為馬家浜文化、崧澤文化、良渚文化和馬橋文化，另有唐宋時期遺存。1961年1月，南京博物院在進行太湖地區考古調查時發現該遺址。1982年7月30日至8月7日，南京博物院在昆山文化館配合下，對遺址進行調查與發掘。1998年至2004年由南京博物院、蘇州博物館及昆山文物管理所三家合作，先後進行了六次考古發掘，發掘總面積3393平方米，發現新石器時期至唐宋時期各類遺存450處，其中，有房址14座、墓葬95座、灰坑177個、水井90口、水稻田64塊、水溝8條、河道2條，出土各類器物1000多件。

綽墩遺址不僅面積大，而且內涵豐富保存較完整，被國家文物局評為中國2000年重要考古發現，是太湖地區發現的文化序列最為完整、文化遺存極為豐富的一處重要史前文化遺址。

綽墩遺址自1998年以來已連續進行了六次考古發掘，遺址內揭示出了大量的文化遺存，其中包括馬家浜文化、崧澤文化、良渚文化和馬橋文化。綽墩遺址內涵最豐富、文化發展最鼎盛的當屬良渚文化時期，在200多平方米的范圍內，共發掘、揭示出水稻田24塊。其中的河道、房址、祭台及墓葬等共同構成良渚文化較完整的聚落形態。特別是由水溝、蓄水坑等組成的農田灌溉系統的發現，引起中外專家的濃厚興趣。它代表了整個江南原始文化，對研究原始社會的自然環境、人口比例、社會結構及人類生產生活諸方面具有重要價值。

1998年秋，在遺址的原土墩西南坡布探方進行了第一次考古發掘，面積達220平方米。考古發現，遺址的文化堆積延續性特別長，它包含了馬家浜文化（距今6000年左右）、崧澤文化（5500年左右）、良渚文化（距今4500年左右）、馬橋文化（距今3000年左右）及以後各期的文化遺存。考古的最大收獲是清理了崧澤文化墓葬27座。其中，未成年人墓有10座，占有相當的比例，而且多數無隨葬品。成人墓中發現了與原始成人習俗有關的青壯年拔牙現象。墓葬中隨葬品多寡不一，一般在6至13件之間，器物以鼎、豆、罐、壺、甑為主，另有少量的玉璜、玉玦等玉器出現。意外的是較多發現了陶盉，這些陶盉不僅造型優美，而且形式多樣，說明了早在5000多年前這裡糧食比較充裕，釀酒相當普遍。

綽墩遺址的第二次考古發掘面積為320平方米。首先清理出良渚房址兩座。一座為長方形，房子開闊有11米，進深6.5米。其建築結構除了已具備房基、梁架、屋頂外，牆體運用蘆葦、竹、木材等作為牆骨來增加牢度。另一座房子為圓形，東側是門道，中間是灶坑，旁邊是窖穴。這座圓形房子是專門用來炊煮的廚房。圓形房子外西北部有兩灰坑，說明那時人類已有一定的環保意識，不僅炊煮分設，而且已有專用的垃圾坑。其次，發現了崧澤文化墓葬6座、馬家浜文化墓葬12座。崧澤墓葬主要出土了質地精良的玉璜1件、玉耳墜2件、螢石飾品1件及多件色澤如玉的石钺、石锛。在馬家浜文化地層中出土了1件磨制光潔的蛇紋石紡輪，是7000年前原始先民手工紡織勞動的又一例實物。在探方的西南部清理出崧澤房址1座，發現了土牆居住面、灶坑、柱洞等遺跡。接著，在崧澤房址的南面，發現了兩座規模較大的唐代船型磚室墓，可惜早已被盜僅剩墓底，而墓磚上所留下”天子問什”等刻字，讓人幾多遐想，但還是無法證明唐代名伶黃番綽墓的真實存在。

第三次考古發掘發現了馬家浜文化房址1座、灰坑1個、墓葬5座；崧澤文化房址1座、灰坑1個、水井1口；良渚文化房址2座、灰坑8個、祭台1座；馬橋文化至東周時期的灰坑14座、水井6口；唐代、宋代墓葬各2座，宋代水井2口。這些遺跡中，馬家浜文化房址在江南地區屬首次發現，而良渚文化時期祭台的又一次發現，無疑證明這時期的祭祀活動十分頻繁，且有專門掌管祭祀活動的巫師，社會已出現貧富分化和被劃分成不同地位的各個階層。另外，在這次考古中共出土各類文物200百多件，其中，馬橋文化的陶器數量最多，有泥質陶、印紋陶、原始瓷三種質地。器形有凹圜底罐、凹足鼎、實足甗、三足盤和簋、豆等。這些陶器的紋飾美輪美奂，有籃紋、席紋、回紋、梯格紋、雲雷紋、葉脈紋等等，進一步豐富了對馬橋文化的認識。

第四次發掘在遺址的東南部，考古面積380平方米。主要發現了兩座良渚文化的淺地穴式房址和這一時期的池塘。在編號為F11的房址內出土了兩件罕見的精品。一件是通體刻有鳥紋的闊把黑皮陶壺，其精湛的制作工藝宛如鬼斧神工，代表了良渚文化制陶工藝的最高水平，令人驚歎不已；另一件彩繪木漆碗出土時色彩鮮艷，亦屬這時期極少發現的精品。考古揭示出以河道為中心的良渚文化時期的聚落。一條東北向西南走向的河道由通道和內灣兩部分組成。在已揭露的長達45米的南堤岸邊有夯築結實的的紅燒土塊，而在北堤岸上發現了密密麻麻的木樁。這種周邊修成陡坡並有紅燒土夯築再加上栽滿荊棘的設施，可能是古人用於護衛的防御牆。在河道內彎出口處發現了一塊木塊。它長1.1米、寬0.7米、厚0.23米。其周邊還有枝木、木樁、木锲。木塊的二側邊異常平整，底部光滑微凹，上部居中處有一錠象形的鼻孔鈕。木塊的一端有砍伐時留下的斷面，另一端表面從上至下呈45度的斜面，形似船頭。經科學鑒定，木塊的材質為二針松，干重94.4公斤、可排水177公斤、載重極限達82.7公斤，因此斷定這木塊是原始先民的渡河工具。在河的兩岸除發現了房址外，還發現了以家庭為單位的良渚墓葬7座。

2002年秋至2003年春，考古隊進行了第五次考古發掘工作。發掘工作分二期，總發掘面積1128平方米，發現遺跡164處。有灰坑、墓葬、水井、水田、房子、河道、溝等。其中，最重要的是發現了馬家浜文化時期25塊水田。這些水田是利用自然形成的低窪地或依地勢開墾的小塊農田，旁邊還有用於灌溉的排水溝、蓄水坑等。在田塊土樣中淘洗出大量的炭化米粒，有長粒型、橢圓型等多種形態，經江蘇農科院檢測表明，每克土樣的水稻植物蛋白石密度超過5000個，也就是說這些田塊均有大量水稻生長過。通過對水稻植物蛋白石定性分析證明，炭化的米粒是粳稻，從而又一次確定6000多年前昆山地區已有人工栽培的水稻田。在164處遺跡內出土了各時期的器物363件，有陶器、石器、骨器等，其中一把馬家浜時期的象牙梳彌足珍貴，它不僅在太湖流域屬首次發現而且對進一步研究馬家浜時期的氣候條件、自然環境、動植物的生存空間有重要意義。

2003年至2004年，進行第六次考古發掘。發掘工作分兩個階段進行，第一階段從2003年12月2日~2004年1月10日，發掘300平方米；第二階段從2004年2月23日~4月30日，發掘420平方米；第一、二階段合計發掘面積720平方米。共發現各類遺跡147處。其中有墓葬13座，灰坑45個，水井16口，水田遺跡64塊，房址3座，河道1條，水溝5條。出土各類器物167件。其中馬家浜文化49件,崧澤10件，良渚25件、馬橋44件，春秋2件，戰國18件，漢代1件，唐宋17件，明代1件。器形以陶器為主，少量石器和骨器。陶器種類較多，有罐、鼎、釜、甕、豆、盆、盤、缽、提梁壺等；石器有斧、刀、镞、鑿等；骨器有镞，另有銅器、金器、玉器等。現將主要工作可以說綽墩遺址代表了整個江南原始文化，它對剖析長江下游社會歷史發展的客觀規律具有重要作用。

2006年綽墩遺址被國務院公布為全國重點文物保護單位。