高旻寺位於江蘇省揚州市刊江縣西南20裡，古運河和儀揚河匯合處，三叉河口西南岸，為清朝揚州八大名剎之一。
高旻寺始建於隋朝，清朝時達到全盛，經兩次擴建，規模宏大。清順治八年（1651年）建天中塔，塔旁建廟，稱“塔廟”。康熙帝第四次南巡駐跸寺內，曾登寺內天中塔，極頂四眺，浩渺四眺，浩渺無際，遂賜書額“高旻寺”，並御制《高旻寺碑記》稱它“龍歸法座聽禅偈，鶴傍香煙養道心”，有超塵脫世之感。康熙四十二年（1703年），在高旻寺西修建“塔灣行宮”。四十四年春，康熙帝第五次南巡駐跸新建行宮。行宮面積比高旻寺大，有高大的圍牆與寺院隔開。高旻寺當時與鎮江金山寺、成都文殊院、新都寶光寺並稱“禅宗四大叢林”。
康熙年是，寺內有大雄寶殿五楹，供本世佛，左右有御碑亭。大雄寶殿之後為金佛殿，最後為天中塔。清道光、鹹豐年間塔皆毀。同治、光緒年間復建增修，並建御書樓兩層。近現代住持高旻寺的高僧有月朗和來果法師等。來查（1881-1953年）法師，俗姓劉，法名妙樹，號淨如，湖北黃岡人。1905年到句容縣寶華山出家，後到金山寺參禅，勤學苦修，十年不懈。1928年到高旻寺，拜月朗方丈為師，他住持高旻寺期間，整頓寺院，嚴行戒律，革除積弊，恢復舊制，成績顯著。寺中的寶塔、大殿、禅堂、延壽堂、如意寮等建築都得到修建，便高旻寺初具規模。
1949年後，高旻寺仍作為佛教活動場所，同佛教界管理使用。可惜十年動亂中，有關單位占用，拆除了大殿，另修了樓房，使這座千年古剎瀕臨廢記。
十一屆三中全會以後，宗教信仰自由政策重新得到貫徹和落實。1983年，高旻寺被國務院烈為漢族地區全國重點寺院，德林法師等僧眾重返寺院。在有關部門的努力下，占用單位遂步遷出，高旻寺重新移交給佛教界管理使用。
“文化大革命”，高旻寺的一枚老山碧玉镂刻的玉印被當作“四舊”，以10元價格賣給揚州市文物部門。這枚玉印重6斤，呈方形，頂部雕有兩只獅子，印面刻有“敕建維揚高旻禅寺記”九個篆字，十分珍貴。落實政策後，這枚已流入揚州市文物商店的玉印又完好無損的歸還高旻寺。
近年來，高旻寺集資遂步修建寺院。在香港等地佛教徒的捐助下，1989年11月，高旻寺新禅堂舉行了落成典禮。
這座禅堂由德林法師親自設計，新穎獨特，呈不等邊八角形狀，青磚綠瓦，古樸典雅。堂內光線柔和，清靜整潔，可容三四百人打坐參禅。新禅堂的建立，繼承和發揚了高旻寺坐禅打七“一支香”傳統。還新修了方丈室、接待室和大雄寶殿。重建的大雄寶殿規模宏大，采用鋼筋水泥結構，到1991年底，主體建築基本完工。古老的高旻寺將以它新的姿態展現在人們面前。
高旻寺現任方丈德林法師，84歲，河北人，1934年出家，師從道智禅師。現任監院文龍法師，46歲，江蘇儀徵人，1985年出家。