蓬萊閣古建築群是第二批全國重點文物保護單位，原存彩畫於上世紀80年代初期修復，由於年久失修，多數彩畫斑駁脫落、破損嚴重。2012年，蓬萊市文物局委托北京市古代建築設計研究所，在多方勘察調研的基礎上完成《蓬萊閣古建築群油飾彩畫維修工程修繕方案》的編制，並通過國家文物局批復。2013年初，正式啟動油飾彩畫維修工程，分批次對古建築群內的六大單體及附屬建築進行整體修繕，現已完成丹崖仙境坊、人間仙境坊、龍王宮、蓬萊閣、仲連祠、天後宮等古建彩畫修繕工程。根據進度安排，目前正在進行三清殿的彩畫修復，計劃2016年全部完成。

    在修復中，當地文物部門嚴格遵循傳統材料、傳統工藝和傳統做法的原則組織施工。根據蓬萊閣古建築群原有彩畫現狀，分為“現狀修整”和“重點修復”兩部分，以現有傳統做法為主要的修復手法，盡可能真實完整地保存歷史原貌和地方特色。現存地方特色彩畫盡量保留，不能保留的按現存地方彩畫復原;既不是地方彩畫做法，也不是官式做法的彩畫，根據建築使用功能及整組彩畫的配置，依據同等級、同類別建築的地方特色彩畫進行移植復原;現存不規范、有錯活的官式彩畫，在沒有歷史實物為依據的前提下，按現狀官式做法進行調整。

    新修繕的彩畫，映著陽光熠熠生輝，不僅美觀，而且更合規制，使蓬萊閣古建築群的歷史性、原真性、地方特色得以充分體現，對建築本體的木構件也起到一定程度的保護作用，延長了文物壽命。