普渡寺始建於明代，原名為皇城東苑，又名“小南城”，占地近10000平方米，是太子居住的地方。清初為攝政王多爾衮的府邸，乾隆20年（1755年）重新修葺擴建，後乾隆賜名普渡寺，這也是歷史上最後一次修建，距今已有247年。普渡寺建築非常獨特：建在高台之上，而且窗棂低矮。古建專家介紹，這樣典型的滿族風格文物建築在北京就這一處。

    北京東城區普渡寺位於南池子大街，原為清初所建的喇嘛廟。原址是明代南城的洪慶宮一部分。清代攝政王（睿親王）多爾衮王府。康熙三十三年（1694），舊睿親王府改建成瑪哈噶喇廟。1776年，乾隆將該寺賜名“普渡寺”。大殿建築宏偉，台基高大，須彌座式，面闊9間。黃瓦綠剪邊殿頂，前廈為綠瓦黃剪邊。檐出飛檐共3層，為建築式中少見。

    普渡寺1984年即被確定為北京市重點文物保護單位。由於歷史原因，建國以後，普渡寺地區自然形成一個高密度居民區，普渡寺大殿變成了學校的教室和倉庫，普渡寺破損嚴重，四周的配殿更是不復存在。普渡寺的修繕引起了許多部門和人士的關注，被列入北京市3年“3.3億元文物搶險修繕工程”項目，東城區財政投資4000多萬元，搬遷了普渡寺台上的186戶居民，撤並了占用普渡寺大殿的南池子小學，拆除普渡寺周邊破舊民房和違法建築近5000平方米，徹底騰退文物，進行修繕。

    騰退後，普渡寺的修繕完全按照古建傳統工藝及文物整舊如舊的原則進行修繕。殿內的彩畫穹頂看起來半新半舊，這是因為在維修時要首先使用舊建築構件，只有當舊件缺損、數量不夠時才用仿制的新件代替。